Balkan yarımadasının merkezine yerleşmiş Bosna Hersek Akdeniz ve Alp iklimini, kırlarını kuşatır bundan dolayı bazı en zengin flora ve fauna Avrupa da görülür. Güneydoğu Avrupa’da bulunan Bosna-Hersek, kuzeyden ve batıdan Hırvatistan, doğudan Sırbistan, güneyden Karadağ ile çevrilidir. Güneyden Adriya Denizi’ne 20 km kıyısı vardır. En yüksek yeri Ploçno Dağı (2228 m.)’dır. En önemli akarsuları Drina, Bosna, Sava, Vrbas, Una ve Neretva ırmaklarıdır. Bosna ülkenin kuzey bölgesinin, Hersek ise güney bölgesinin adıdır. Arazisi genellikle dağlıktır. Topraklarının % 22’si tarım alanı, % 27’si otlak, % 30’u orman ve çalılıktır.
Güney Alplerin uzun zinciri (Dinaric Alps) Kuzey Slovenya’dan Bosna Hersek’in merkezine ve Karadağ’a doğru yayılır ve Arnavutluk sınırında Prolektija dağlarında son bulur. Yıllardır nüfusu, Roman istilacılarından koruyan ve Osmanlı fethini yavaşlatan Hersek bu dağlık bölgenin en yüksek ve vahşi kısmını kaplar. Bosna’nın merkezi bölgesi hem kayalık dağlara hem de yeşilliğe sahiptir. Yuvarlak tepeler ormanlarla ve sayısız tatlı su akarsu ve nehirleriyle kaplıdır. Bazı kuzey bölgeler, Karadeniz’e dökülen Drina nehri vadisinden Slovenya ve Hırvatistan boyunca Macaristan’a kadar uzanan uzun ve tarımsal olarak zengin düzlükler paylaşırlar. Ülkenin kuzeybatı bölümlerinde derin kireçtaşı mağaraları ve yeraltı nehirleri bulunur. Bu kireçtaşı bölgeleri güneyin alçak kireçtaşı vadileriyle bağlıdır. Birlikte dünyanın en geniş kalkerlerini oluştururlar.